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　　全盲的FBI特別搜查官皆实广见（福山雅治 饰）被称为“终结一切案件的最后王牌”。他自日本研修返美后，警视厅搜查一课的护道心太朗（大泉洋 饰）前往美国受训，两人在华盛顿与纽约继续加深“无敌搭档”的默契。半年后心太朗归国，两人再次分隔两地。　　2025年，皆实因电视节目回到日本，却遭遇电视台被全副武装的恐怖分子占领。他与主播播摩美咲（松本若菜 饰）、首相五之桥义实（吉田钢太郎 饰）等人被劫持，对方威胁若拿不出10亿美元赎金，将在东京引爆炸弹，引爆前所未有的危机。得知皆实被囚的心太朗火速赶往现场，却发现负责接待皆实的佐久良（吉田羊 饰）已隐藏在内部——一场跨国搭档再度携手的极限救援正式拉开序幕。

　　尤瑟夫每天都往返于他的农耕村庄巴斯玛和他在耶路撒冷城里的工作之间，满怀热情地努力在瞬息万变的现代世界中寻找自己的位置。他年轻而躁动，更渴望摆脱乡村生活的束缚，而不是被卷入其中的种种烦恼。尤瑟夫的故事与年轻寡妇拉巴布和她的女儿阿芙拉、粗犷的领袖哈立德、鞋匠兼当地神父卡里姆的儿子以及活力四射的都市人胡卢德和她的商人丈夫阿明的故事交织在一起。

一天清晨，刑警惊觉自己的搭档失去了音讯。事实上，搭档在夜晚返家的途中，意外目睹一起犯罪行为。不料现场突然发生提款机爆炸，她身受重伤，随即被犯人绑走。

 以成为神奇宝贝大师为目标，小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音）带着各自的神奇宝贝在世界各地进行艰苦的修业之旅，今天他们历经长途跋涉终于来到了风景秀美的米琪亚镇。在当地一对小兄妹的介绍下，小智一行前往神殿遗址游玩。谁知却遭遇了极其危险的情况。关键时刻，掌管时间的迪亚鲁加和守卫神殿的西娜（北乃きい 配音）、凯宾（岸祐二 配音）帮助了他们，能与神奇宝贝心灵沟通的西娜还熄灭了冥王龙的怒火。从西娜口中得知，创造了世界的神奇宝贝即将苏醒，它不仅会使时空扭曲错乱，还将为世界带来毁灭性的灾难…… 本片为神奇宝贝系列第十二部电影剧场版。